V České republice se tématem ekologického zemědělství na vědecké úrovni zabývají týmy z výzkumných ústavů i vysokých škol, často ve spolupráci s kolegy ze zahraničí. Výzkumníci spolupracují s pěstiteli, chovateli i výrobci biopotravin. Zaměřují se například na zvýšení konkurenceschopnosti ekologického zemědělství prostřednictvím šlechtění nových odrůd, uplatněním minoritních plodin ve výživě apod.